Durante as expedições de barco pelos rios selecionados, amostras de água foram novamente coletadas e posteriormente analisadas em laboratórios.
Cada pesquisador tem sua especialidade e contribuiu com novas informações que complementaram o estudo. Os pesquisadores que participaram dessa fase do projeto foram:
Dr. José Galizia Tundisi e Dr. Donato Seiji Abe. Instituto Internacional de Ecologia (IIE), São Carlos, SP. Estudarão a concentração de carbono, nitrogênio e fósforo na água. Através da concentração de fósforo total, classificarão as amostras em um Índice de Estado Trófico (IET).
Dr. Rodolfo Paranhos Instituto de Biologia - Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ), RJ. Determinará a abundância celular do bacterioplâncton.
Dra. Maria do Socorro Rodrigues - Departamento de Ecologia, Instituto de Biologia – Universidade de Brasília (UnB)
Dra. Iná de Souza Nogueira – Doutora em Ciências Biológicas (Botânica) pela USP
Elizabeth Cristina Arantes de Oliveira – Mestre em Ecologia pela UnB Vão examinar a biodiversidade do fitoplâncton nas amostras dos rios.